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產品介紹
微生物群落多樣性分析是指利用二代高通量測序技術，對微生物的16S rDNA、18S rDNA以及ITS高變區域，或者功能基因進行測序，分析環境中細菌、古細菌以及真菌的種類組成和含量，揭示環境樣品中微生物種類以及它們之間的相對豐度和進化關系，進一步探討微生物多樣性；對于研究微生物與人類醫療健康、食品安全、環境檢測與治理、微生物資源的利用等有著重要的理論和現實意義。
產品分類
16S rDNA測序：16S rDNA為編碼原核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列，存在于所有細菌染色體基因中，共包括9個可變區和10個保守區，保守序列區域反映了生物物種間的親緣關系，而高變序列區域則能體現物種間的差異。采用HiSeq或的MiSeq測序儀，對16S rDNA某個高變區進行測序，進一步分析環境微生物中細菌或古細菌的多樣性。
18S rDNA測序：18S rDNA為編碼真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列。在結構上分為保守區和高變區，保守區反映生物物種間的親緣關系，高變區反映物種間的差異。
ITS測序：ITS分為兩個區域：ITS1/ITS2，其中ITS1位于真核生物核糖體rDNA序列18S和5.8S之間，ITS2位于真核生物核糖體rDNA序列5.8S和28S之間。ITS序列由于自然選擇壓力小，因此在進化過程中能夠承受更多的變異，通過對ITS1或者ITS2進行測序，可分析環境微生物中真菌的多樣性。
技術流程
技術參數
測序平臺：HiSeq2500；MiSeq
測序策略：PE250
測序周期：25-40工作日
測序數據：不低于合同規定數據量
標準數據分析
● 原始測序數據預處理
● 稀釋曲線（Rarefaction Cur ve）
● OTU劃分&OTU注釋&物種分類注釋
● 物種系統發育樹
● 多樣性指數分析
● 物種組成統計熱圖
● 群落結構：OTU分類
● 物種豐富程度&均勻程度（Rank Abundance曲線）
● 主成分分析（Principal component analysis， PCA）
深度數據分析
● 多樣品OTU分布網狀圖（Network）
● 單因素方差分析
● 多樣品O TU分布比較（Venn圖）
● 多樣品（微生物群落）分層聚類UPGMA
● 樣本聚類UP GMA可靠性Support分析
● 主坐標分析PCoA（2D/3D）圖
● 基于Unifrac 距離的箱型圖（Box-Plot）分析
● 含分類單元主坐標分析PCoA圖（3D Bi-Plot）
● 差異對比NMD S分析
● 冗余分析RDA（線性模型）/典型對應分析CCA（單峰模型）
● 含多樣品分類餅圖
● LEfSe分析（組間比較分析）
● Adonis組間比較分析（基于Unifrac距離矩陣）
引物信息
樣本要求
糞便：采集新鮮糞便樣品于無菌容器中，每份樣品5g左右即可，液氮速凍3-5min，-80°C長期保存，干冰運輸。
土壤：采集土壤樣本5g左右無菌容器中，液氮速凍3-5min，然后轉移-80°C 或液氮中長期保存，干冰運輸。
污泥：采集污泥樣本于無菌容器中，每份樣品5g左右即可，液氮速凍3-5min， -80°C長期保存，干冰運輸。
水體：1、對于水質較為清澈的水樣，用0.22μm 的微孔濾膜真空過濾水樣（1 L左右），富集于無菌管中，液氮速凍3-5min，干冰運輸。2、對于水質較為混濁的水樣，三點水樣混合搖勻后取60-80mL，液氮速凍3-5 min，-80℃保存，干冰運輸。
皮膚：采用無菌棉簽輕輕刮取皮膚表面，取樣后將棉簽置于無菌的離心管，液氮速凍3-5min，-80℃長期保存，干冰運輸。
服務流程
1、提交項目課題相關需求和資料。
2、與我們的專業技術團隊討論項目細節。
3、根據討論后的意見對實驗方案進行修改。
4、雙方均滿意并達成一致，簽訂技術服務合同。
5、開展實驗，按期完成合同規定的內容。
6、結題，提供實驗原始結果和分析結果、實驗流程、實驗條件等等。
我們的優勢
1、適用于單細胞、微量細胞樣品。
2、數據質量高、偏差小、高度均一。
3、高通量，單個樣本可達30-100X的測序深度和數據產出量。
4、*的覆蓋度，能檢測到90%以上的SNP位點信息。
5、檢測靈敏度和準確度高。
6、能夠全面發掘新的和稀有的遺傳變異
咨詢與訂購
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